Mit dem Edikt von Mailand im Jahre 313 legalisierte der römische Kaiser Konstantin den
christlichen Glauben, nachdem seine Anhänger ca. 300 Jahre immer wieder Verfolgungen ausgesetzt waren. 92 Jahre später erklärte Theodosius die christliche Religion zur Staatsreligion und verbot
die heidnischen Religionen. Der Kult für die Göttin Athena, die in Seleukeia verehrt wurde, wich der Verehrung der christlichen Märtyrerin Thekla, die in einer Höhle nahe der Stadt
lebte. Die Höhle ist zu besichtigen und zeigt die So wurden im 5. und 6. Jh. zahlreiche Kirchen errichtet. Eine riesige Basilika - 80 m x 36,8 m - wurde direkt über der Höhle erbaut.
Doch das monumentale Gebäude war zu schwer für den Untergrund, von Anfang an hatte man mit Stabititätsproblemen zu kämpfen. Heute steht nur noch ein Flügel der Apsis.
Im 7.Jh. begründete
Mohammed die islamische Religion. Moslemische Araber drangen in der Folgezeit nach Kilikien und weiter nach Westen, wurden aber letztlich von den Byzantinischen Heeren zurückgeschlagen. Aber mit
Beginn des 12.Jh. besetzten Türkmenen aus dem Stamm der Karaman das Gebiet und Seleukeia wurde wie das ganze Umland moslemisch. Die Kreuzzüge waren die Folge. Einer der größten Anführer des
dritten Kreuzzuges - Kaiser Friedrich Barbarossa - ertrank auf dem Weg nach Jerusalem 1190 im Fluß Göksu nur wenig nördlich von Silifke.
1471 eroberte der Osmande Ahmet Pascha
Seleukeia von den Karamaniden. Aus Seleukeia wurde Selefkeh und Silowkya. Heute ist Silifke eine Kleinstadt mit ca. 80000 Einwohnern.